Oben befindet sich der eigentliche Eingang zur Johanniterfestung mit dem Wachhaus nebenan. Gleich daran anschließend liegt die Johanneskirche, die noch zu byzantinischer Zeit im 13. Jh. entstanden ist.

Es geht nun weiter in einer Linkskurve hoch zur Stoa. Einige Säulen der u-förmigen Stoa, einer 87 Meter langen Säulenhalle aus dem 3. Jh. v. Chr., haben Archäologen wieder aufgebaut. Die Stoa diente als eine Art Portal, durch das man den Tempel betrat. In antiker Zeit erreichte man sie von unten, nicht wie heute von der Seite. Damals betrat man zuerst die unterste Terrasse.

Dort steht heute noch die Exedra, der halbrunde Hintergrund einer Statue, die nicht mehr aufzufinden ist. Die Statue stellte wahrscheinlich den Priester Pamphilidas dar. Halb rechts, in der Ecke der Terrasse, befand sich ein römischer Tempel aus dem 3. Jh. n. Chr.

Die Treppe in der Mitte der Stoa führt zum Haupttempel hinauf. Säulenhalle und Treppe bildeten einen recht beeindruckenden Eingangsbereich. Über die Treppe geht man an den Resten der Propyläen, der eigentlichen Eingangshalle, vorbei zum Tempel und zum Hof davor, auf dem geopfert wurde. Treppe und Propyläen entstanden im 3. Jh. v. Chr. Der Haupttempel befindet sich links in der Ecke.

Die ganze Anlage hat einen überwiegend symmetrischen Aufbau, aber das wichtigste Gebäude, der Tempel selbst, lag nicht in der Achse, obwohl er dort Platz gehabt hätte. Das, was man heute hier vorfindet, ist die Rekonstruktion des Tempels, die die Italiener zu Beginn dieses Jahrhunderts vorgenommen haben. Auch in den letzten Jahren arbeiteten die Archäologen daran.

An dieser Stelle befindet sich seit dem 9. Jh. v. Chr. ein Kultplatz der Athene. Unterhalb in einer Grotte befand sich der alte Kultplatz für die Göttin Lindia. Diese wurde sehr früh schon hier oben verehrt, aber im 9. Jh. verschmolzen der Kult um Lindia und die Verehrung der Athene miteinander. Damals wurde hier ein Tempelgebäude errichtet, von dem aber gar nichts mehr übrig ist.

Um 550 v. Chr. ließ dann Kleoboulos, der damalige Herrscher von Líndos, hier einen neuen Tempel errichten. Dieser brannte 342 v. Chr. aus und wurde dann wieder aufgebaut und noch etwas erweitert. Die Rekonstruktion dieses Tempels findet man heute hier vor. Im Tempel muss die Statue "Athena Lindia" gestanden haben, die seit mehreren Jahrhunderten verschollen ist.